似たようなECサイトにシステム面で関わった経験があります。
受注生産についてあまり詳しくはないですが、生産管理の方とお話した際に聞いた話です。
想定以上に受注した場合のデメリット
・当初予算内に収まらない可能性(原材料管理、生産ライン確保)
・何とかして受注した分の商品を作らないといけない(他の生産ラインや年間の生産計画に影響が出る、リードタイムが伸びる)
・会計処理が煩雑(ユーザの手元に届くまでは前受金の扱い)
・個人情報や注文情報等、受注情報の管理が難しい(データ量が多い、キャンセルや転居に対する対応が煩雑)
・ある程度の規模システム改修が必要(法律で表示義務がある内容を画面に入れ込む、受注情報の管理)
受注生産を主体としたビジネスモデルでシステムや業務フローを整備していない会社が手を出すにはハードルが高く、やりたくないというよりできないに等しい難しさがあるそうです。
また、一度受注生産と表示してしまうと再販禁止なので、後から欲しくなったユーザや復刻販売を考えてしないパターンもあります。
ご参考になれば幸いです。